继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：西尔维斯特·史泰龙 克里斯·卡尔多维诺 克雷格·卡斯塔尔多 贝拉·希思科特 塞缪尔·杰克逊 汤姆·约翰逊 布莱恩·克恩 博·纳普 Joe Morelli 罗伯特·帕特里克 凯文·波拉克 布雷特·赖斯 詹姆斯·拉索
热度：3210°C
演员：赞达亚 亨特·莎弗 埃里克·迪恩 雅各布·艾洛蒂 西德尼·斯维尼 亚历克萨·德米 茉德·阿帕图 玛莎·凯莉 科洛伊·切蕊 阿德沃尔·阿吉纽依-艾格拜吉 托比·华莱士 科尔曼·多明戈 多米尼克·菲克 妮卡·金 阿兰娜·乌巴赫 索菲亚·罗斯·威尔逊 梅尔文·博内兹·埃斯蒂斯 达格·费尔格 保拉·马绍尔 扎克·斯坦纳 Marsha Gambles 莎朗·斯通 Rosalia 丹妮尔·戴德怀勒 马歇尔·林奇 安娜·范·帕滕 安萨特·布莱克 贝拉·波达拉斯 卡丹·哈迪森
热度：7134°C
演员：麦特里伊·拉玛克里斯南 李·罗德里格斯 雷蒙娜·杨 贾伦·莱维森 达伦·巴内特 森德希·拉玛莫西 普娜·贾甘纳坦 本杰明·诺里斯 芮查·莫佳妮 亚当·沙皮罗 马丁·马丁内兹 克里斯蒂娜·卡尔切纳 艾迪·刘 迪诺·佩特拉 艾塔娜·里纳布 汉娜·斯坦因 马克·科利尔 安吉拉·金赛 唐娜·派洛尼 科科·布朗 皮特·詹姆斯·史密斯 迈克尔·巴达鲁科 坦比·洛克 约翰·麦肯罗 安迪·萨姆伯格 南希·纳什 克莉塞尔·阿尔梅达 凯文·加德纳 索姆·卡皮拉 阿尔蒂·曼 伊克博·塞巴 吉尔伯托·奥尔蒂斯
热度：34318°C